Bourdon n’eut pas en fait l’occasion de donner la pleine mesure de lui-même. À vingt et un ans, revenant de Rome, en 1637, il est un grand peintre, mais à Paris Vouet est tout-puissant, et accapare les grandes commandes. Si le May de 1643 fait éclater son mérite, bientôt Le Brun revient d'Italie et l'universelle compétence de celui-ci l'emporte.

L'épisode suédois, en 1652, lui donne l'espoir de trouver enfin le théâtre à sa mesure, de jouer à Stockholm le rôle que le Primatice ou Vouet avaient tenu à Paris. Ne voyons pas dans le mirifique projet de mausolée à la gloire de Gustave Adolphe, complaisamment relaté par Félibien, une fantaisie de l'historien : mais la mesure des espérances que pouvait susciter le mécénat de Christine. La désillusion dut suivre de près. Les bruits d'abdication, qui couraient déjà, firent comprendre qu'il n'était pas question de projets grandioses. Peut-être rêva-t-il encore, en 1657. de créer à Montpellier une Académie sœur de celle de Paris, la désillusion fut encore plus prompte. Au reste Paris commençait à resplendir d'un tel éclat qu'il apparaissait plus enviable d'y être le second que de se retrouver le premier dans son village. La Galerie de l'Hôtel Bretonvilliers en fut la preuve.

Cette grande entreprise, promptement et brillamment conduite, admirée du Bernin lui-même, marquait, à l'approche de la cinquantaine, le début d'une nouvelle carrière. Le destin devait se montrer plus cruel que jamais. Il interrompit la vie de Bourdon à cinquante-cinq ans, à l'apogée de son art, et l'on rêve de ce qu'eussent été les grandes œuvres des dernières années, s'il avait atteint les soixante et onze ans de Le Brun, les quatre-vingt trois ans de Mignard. Puis il détruisit ce chef-d'œuvre, sans même en laisser des traces suffisantes pour qu'il soit possible de le reconstruire en pensée. Perte infinie, qui découronne l'œuvre entier. C'est par cette galerie, estimée la plus belle de Paris, que Bourdon pouvait se mesurer à Pierre de Cortone, à Romanelli, à Vouet, à Le Brun lui-même. C'est par là qu'il échappait à cette qualification de peintre de genre où les petits esprits du XIXe siècle allaient un jour vouloir le rabaisser.

Rien hélas n'a sauvé de la ruine l'œuvre de Bourdon, peu à peu amputé de pièces majeures et envahi de médiocrités qui le déshonorent. La suite de l'Histoire de Moïse a disparu. La série des Sept Œuvres de Miséricorde a été laissée dans un tel état d'abandon qu'elle n'est plus qu'une ruine indigne. Les grands morceaux peints pour Cologne semblent tous détruits, de l'anthologie des 37 œuvres nommément citées par Guillet de Saint-Georges en plus de la galerie Bretonvilliers, il ne s'en retrouve que sept ou huit. Des dizaines de Sainte Famille gravées au XVIIe siècle, combien d’originaux ont-ils été identifiés ?. Inversement, le nom de Bourdon a longtemps servi a couvrir des répliques ou des pastiches de Poussin, et quantité de compositions banales que l’on appelait avec mépris "classiques". _ Quant aux dessins, sur les milliers de feuilles, tout juste en a t-on retrouvé quelques dizaines de pièces.

En dépit de certains jugements malveillants, dont ceux de Félibien, la précocité et la virtuosité de Bourdon ont fait que dès sa formation il a produit des chefs-d’œuvre. On admet d’ordinaire que jusqu’à trente ans un peintre, pour se former, copie ou imite ses prédécesseurs, voire ses contemporains. Quand Bourdon est à Rome, il regarde en effet de tous côtés : Poussin, Castiglione, Cerquozzi, Van Laer, Claude et bien d’autres. Mais s’il copie littéralement Claude, il exécute un chef-d’œuvre que tout Rome croit de la main du maître. S’il adopte la manière de Van Laer, il peint une toile qui l’emporte sur tous les Van Laer connus. Et c’est en 1636-1637 : il n’a que vingt ou vingt-et-un ans.

Le May de 1643 – il a vingt-sept ans – marque la fin de ces hésitations. Ce grand tableau est d’une telle originalité qu’il est bien impossible de lui désigner une source et de lui trouver des épigones. Désormais Bourdon est en pleine possession de ses moyens ; il est lui-même, à la pointe des recherches parisiennes du moment, et va se tourner vers des recherches neuves, tenter de résoudre une série de problèmes. Mais pendant quelque vingt-huit ans, Bourdon manifeste une cohérence et une fidélité envers lui-même qui peuvent se comparer à celle des Champaigne et des Le Sueur. De la monumentale Déploration sur le Christ mort de Saint-Benoît (Louvre) à celle que vient d’acquérir le Musée Fabre, petit chef-d’œuvre où se pressent déjà toute la poétique de l’art " baroque ", on peut suivre la forte et ferme évolution d’un génie.

Cette unité profonde a pour corollaire une grande diversité d’expression. Bourdon semble passer sans effort du petit tableau de piété aux compositions monumentales, du portrait au paysage. Riche d’une expérience déjà longue, occupant l’un des premiers rangs à l’Académie, professeur attentif et, lorsqu’il est à Paris, assidu, Bourdon s’estime en mesure de maîtriser les difficultés que posent les différents genres, et il explore toutes les ressources de la peinture.

La postérité a facilement trouvé matière à choisir. Selon les goûts et tendances de l’époque, et avec une lucidité inégale. Les uns ont prétendu que Bourdon était un artiste fourvoyé dans un temps et dans un milieu qui convenaient mal à son génie : il était né pour le réalisme, il est à son mieux lorsqu’il peint une scène de genre avec des gradations de lumière aussi subtiles que celles de Téniers, et avec une inspiration plus délicate ; cette tendance l’emporta dans les dernières décennies du XIXe siècle.

D’autres ont estimé que l’importance de Bourdon dans la peinture française venait de ses portraits. Leur juste équilibre entre la psychologie et l’expression plastique s’inscrit dans la grande tradition des Clouet.

Le génie de Bourdon s’est aussi remarquablement exprimé dans toute sa force, dans toute sa science, avec les tableaux mythologiques et religieux qui le placent au premier rang des peintres français du XVIIe siècle, entre Le Brun et Le Sueur.