Durant son séjour à Rome Bourdon, à ce qu’on dit, avait failli se convertir au catholicisme. Son départ précipité l’en empêcha. Revenu à Paris, il se maria avec la sœur de son ami Du Guernier. Le calvinisme pouvait passer pour la tradition, l’honneur et en quelque sorte la noblesse de la famille où il entrait. Tous les enfants furent baptisés et il semble que Bourdon, peu à peu, fit d’une religion héritée une foi profondément vécue.

Mais cette constatation ne doit pas induire à des conclusions erronées. Appartenir à la religion réformée en France n’a pas exactement le même sens avant 1627 et entre 1627 et 1685.

Quoi qu’on en ait écrit, la conversion d’Henri IV et l’Édit de Nantes n’avaient nullement fait disparaître les ambitions des protestants français, qu’excitait l’exemple des Provinces-Unies et des principautés allemandes. En 1621 Montpellier, la ville natale de Bourdon, avait vu le parti protestant imposer sa dictature, raser les églises et démolir pierre à pierre la cathédrale, rejeter ouvertement le pouvoir royal. Il avait fallu que le jeune Louis XIII vînt lui-même faire le siège de la ville et la réduire à merci pour que fût enfin ruiné le rêve d’un Languedoc devenu république calviniste entre l’Espagne, l’Italie et la France catholiques – mais point trop loin de Genève. En 1627, de nouveau, ce fut l’affaire de La Rochelle, qui cette fois menaçait de soustraire au roi de France le contrôle de la côte atlantique, mettant le pays à la portée des flottes anglaises et hollandaises. Une réussite technique – la fameuse digue – mit fin à cette nouvelle tentative de sécession, dont l’Europe entière, consciente de l’enjeu, avait suivi les péripéties.

De ces échecs naquit une période de calme, qui dura jusqu’à la révocation de l’Édit de Nantes, près de soixante ans plus tard. Malgré la grande montée du mysticisme et le triomphe de la Contre-Réforme, l’esprit de tolérance s’établit. Protestants et catholiques se fréquentaient et les tenants de la Réfome avaient accès aux postes et aux honneurs. Lors de la formation de l’Académie, ils furent assez nombreux pour former une sorte de " groupe de pression ", dont naturellement Bourdon profita.

La commande pour le May de 1643 de la cathédrale Notre-Dame glorifie saint Pierre, mainte fois cité dans l’Évangile, mais enfin fondateur de la papauté dénoncée et détestée. La commande du Martyre de saint Protais, destinée à l’ornement d’une autre église parisienne, évoquait sans réticence un saint plus suspect. Ce fut pire à Montpellier : on demandait à Bourdon un immense tableau pour orner le chœur de la cathédrale dévastée et à demi démolie par ses coreligionnaires, et le thème, la chute de Simon le Magicien, était celui qui avait été choisi à Saint-Pierre de Rome pour évoquer le triomphe de l’Église sur l’Hérésie, présentée comme simple imposture. L’acceptation de Bourdon reste singulière

Par ailleurs on sait la défiance des calvinistes envers le culte de la Vierge ; or Bourdon est l’un des peintres français qui ont peint le plus de Vierge à l’Enfant et de Sainte Famille. Purs exercices, qui n’entraînaient pas l’adhésion intérieure, et que Bourdon mettait sur le même plan que des représentations de Junon ou de Vénus ? Il est bien malaisé de le croire…

En regard, le protestant apparaît dans d’autres œuvres ; ainsi Bourdon a souvent illustré l’histoire de Jacob. Dans Les Sept Œuvres de Miséricorde, série de sept tableaux consacrés à des scènes empruntées à l’Ancien Testament, les sentiments vont de la grâce la plus délicate au spectacle de la désolation. Rarement peintre a plus fortement évoqué la terreur des opprimés ou la puissance du vainqueur. Autour de sept grands " actes " de vertu, Bourdon développe sept grands épisodes de l’histoire juive qui leur donnent toute leur résonance humaine. Plus on regarde cette suite, plus l’imagination du peintre révèle sa richesse en même temps que son élévation morale.

Sa science des volumes, tôt présente, a été par la suite poussée jusqu’à une formule quasi cubiste, dont le chef-d’œuvre est peut-être le Christ et les enfants. Plus tard, l’aspect mathématique s’estompe ; mais le calcul subsiste. Il assure à toutes les compositions de Bourdon une solidité et un équilibre plastique que l’œil ressent avant même de le constater.

Il en va pareillement pour la couleur, dont même les détracteurs de Bourdon n’ont pu s’empêcher de louer l’éclat. Dans sa maturité il décida d’établir dans ses tableaux un équilibre entre les trois couleurs fondamentales, bleu, jaune et rouge, savamment dosées et souvent calmées par une grande tache de blanc. Ici encore, il a parfois poussé le principe jusqu’au point où il devenait formule.

De tout le XVIIe siècle français Bourdon est le seul qui, dans certaines de ses œuvres, se soit permis de laisser apparent le jeu arbitraire des volumes et des couleurs qui soutient la fiction.

Dans l’œuvre de Bourdon, il faut écarter la tentation d’établir des catégories et chercher à retrouver ce qui fait son unité : unité des formes comme unité de l’inspiration.

L’univers de Bourdon n’est jamais de simple observation et jamais de fiction pure. Reproduire la nature à la façon des Hollandais ou créer de toutes pièces un univers personnel, ne l’intéresse guère. Chez lui, la tragédie s’inscrit dans le passé biblique. L’inspiration anime des paysages improbables, mais savamment composés de feuillages, d’eaux, de vieux monuments et de grottes obscures. L’idéal s’incarne dans l’image juvénile de la femme aux gestes harmonieux, libérée par l’antiquité du vêtement moderne et des coquetteries de la carte du Tendre. Très tôt l’équilibre a été trouvé entre la réalité et cette distance que suppose toute poésie. Dés 1643-1646, tous les éléments d’un grand langage sont en place.