Qu'en ces Fables aussi j'entremêle des traits

De certaine Philosophie

Subtile, engageante, et hardie.

On l'appelle nouvelle. En avez-vous ou non

Ouï parler ? Ils disent donc

Que la bête est une machine ;

Qu'en elle tout se fait sans choix et par ressorts :

Nul sentiment, point d'âme, en elle tout est corps.

Telle est la montre qui chemine,

A pas toujours égaux, aveugle et sans dessein.

Ouvrez-la, lisez dans son sein ;

Mainte roue y tient lieu de tout l'esprit du monde.

La première y meut la seconde,

Une troisième suit, elle sonne à la fin.

Au dire de ces gens, la bête est toute telle :

L'objet la frappe en un endroit ;

Ce lieu frappé s'en va tout droit,

Selon nous, au voisin en porter la nouvelle.

Le sens de proche en proche aussitôt la reçoit.

L'impression se fait. Mais comment se fait-elle ?

- Selon eux, par nécessité,

Sans passion, sans volonté.

L'animal se sent agité

De mouvements que le vulgaire appelle

Tristesse, joie, amour, plaisir, douleur cruelle,

Ou quelque autre de ces états.

Mais ce n'est point cela ; ne vous y trompez pas.

- Qu'est-ce donc? - Une montre. - Et nous? - C'est autre chose.

J'entremêle: je mêle des matières différentes (Cf. le vers 14)
Traits: éléments caractéristiques et frappants.
Aussi: comme dans un libre entretien on fait du "miel" (profit) de toute chose.
Ainsi: la référence à la philosophie conçue indissolublement comme: Science / Réflexion / Sagesse est justifiée. 
Certaine Philosophie: qui demande à être définie soigneusement, avec précision: le Cartésianisme.
Subtile: Ingénieuse et qui a une vive perception.
Engageante: qui donne envie d'entrer en relation.
Hardie: qui se hasarde volontiers dans des affirmations tranchées, au risque de se perdre dans la rationalité pure. (Chez La Fontaine, à la limite le terme prend le sens de "effronté" qui ne se laisse pas intimider par l'argument d'autorité, par la tradition aristotélicienne) 
=> Voir le Loup et l'agneau: "qui te rend si hardi" ...)
Ils: Descartes et ceux qui reprennent ses distinctions en les durcissant: les Cartésiens.
Sans choix: sans mémoire ni anticipation, par ressort: pas d'âme en elles, tout est corps comme jeu de mouvements dans l'étendue.
Sans sentiment: "sentiment", terme au sens mal fixé, à l'époque: privé de sensibilité.
Âme: ce qui informe le corps, mais aussi l'esprit; ce qui donne au terme esprit une résonance avec l'unique, que le terme esprit n'a pas en lui même.
La montre: qui avance avec régularité: simple mécanisme, agencement de rouages et de ressorts.
Aveugle: sans impressions ni conscience. 
Dessein: projet posé par un désir ou une volonté.
Ouvrez- la: les montres s'ouvraient, ce qui permettait de voir leur mécanisme.
Lisez: à livre ouvert, sans mystère, car tout est déplié sous vos yeux.
Toute telle: tout entière, semblable à la montre.
Mainte: ici, une grande quantité de ...
Vers 37 et 38: enchaînement mécanique par roue dentée (suivre => s'ensuivre nécessairement), selon un ordre: la première, la deuxième, la troisième. 
Ces gens: les Cartésiens. Malgré son admiration pour Descartes, La Fontaine s'en démarque: il n'en est pas.
Toute: sans exception l'objet comme résultat de la donnée sensible.
Frappe: comme par un mouvement qui donne un coup: le choc produit par la rencontre d'une force physique avec un obstacle.
Un endroit: déterminé et pas les autres endroits: mécanisme nécessaire.
Vers 42 et 44: opposition de La Fontaine au paradigme de la montre auquel on réduit l'animal.
Au voisin: au lieu qui le touche dans le choc.
Le sens: la vue, l'ouïe ...
Selon eux: selon les Cartésiens, par la détermination d'un mouvement par un autre.
Sans passion, sans volonté: sans épreuve subie en provenance de l'extérieur, sans détermination par l'âme qui regarde quelque chose de prochain et le recherche (=> Condillac). Voir "dessein" au vers 34.
L'impression: résultat de l'empreinte: action exercée par l'extérieur qui produit une sensation: la sensation a pour point de départ une stimulation. L'impression se fait tantôt de l'objet sur l'âme, tantôt de l'âme sur le corps; dans ce dernier cas il s'agit d'un mouvement volontaire.
Se sent: au contraire de ce qu'affirment les Cartésiens.
Le vulgaire: sagesse partielle de l'opinion contre la folie des cartésiens. (Une légende? Le père Malebranche donnait des coups de bâton à sa chienne. La chienne se plaignait. "Ce n'est rien, c'est simplement quelque poulie mal graissée qui grince dans son organisme". Nous voilà rassurés!).
Vers 52: opposition radicale soutenue par les cartésien entre l'homme et l'animal.
Autre chose: de bien supérieur, d'une autre nature.